Dugaan adanya penyiksaan dan rekayasa kasus dalam perkara kekerasan seksual di Jakarta International School (JIS) semakin menguat setelah munculnya fakta-fakta, baik yang berasal dari temuan dan/atau investigasi yang dilakukan oleh Komisi Untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS) maupun fakta-fakta yang muncul dalam persidangan. Sebagai contoh, hasil temuan KontraS berdasarkan keterangan keluarga tersangka petugas kebersihan, para tersangka mengalami penyiksaan selama proses penyidikan di kepolisian. Selain itu, dalam fakta persidangan pada kasus yang menimpa guru JIS menunjukkan hasil forensik dan keterangan ahli yang menyebutkan bahwa pada pokoknya tidak ada tindakan sodomi pada anak sebagaimana didakwakan oleh jaksa dan diputus oleh majelis hakim Pengadilan Negeri (PN) Jakarta Selatan.